Il censimento floristico del sito ha permesso di identificare ben 344 differenti piante vascolari, 22 muschi e 20 licheni, con numerose specie rare e molto interessanti.
Nel SIC si trova la Viola comollia, una specie particolarmente rara ed endemica delle Alpi Orobie, che cresce tra 1700 e 2700 metri di quota su macereti e morene, e la Sanguisorba dodecandra, un'altra specie endemica delle Alpi Orobie.
L'aquilegia alpina (Aquilegia alpina) è una specie molto rara in tutta la provincia di Sondrio, di cui sono note solo poche località sparse fra Alpi Retiche ed Orobie. Cresce di preferenza in arbusteti e macereti a quote che variano tra 1600 e 2500 metri.
Meno appariscente ma altrettanto rara è la Barbarea bracteosa, presente in prevalenza su pietraie e praterie umide tra 1000 e 2500 metri.
Sulle rupi e sulle creste ventose è possibile vedere il blu intenso del raro Eritrichium nanum; un'altra pianta tipica degli ambienti d'alta quota, fino ad oltre 3000 metri, è l'Artemisia genipi che vegeta soprattutto su morene e macereti, ma anche rupi e pendii sassosi, più tipicamente su substrati silicei.
All'interno del SIC non sono segnalate specie vegetali in allegato II della Direttiva Habitat.
![Aglio serpentino](/sites/default/files/inline-images/19_Allium%20victorialis.tif_.jpg)
Aglio serpentino (Foto di R. Ferranti)
![Rododendro ferrugineo](/sites/default/files/inline-images/Rhododendron_ferrugineum_Tognoni.jpg)
Rododendro ferrugineo (Foto di C. Tognoni)
![Arnica montana](/sites/default/files/inline-images/16_Arnica%20montana.tif__0.jpg)
Arnica (Foto di R. Ferranti)
![Fior di stecco](/sites/default/files/inline-images/08_Daphne%20mezereum.tif_.jpg)
Fior di stecco (Foto di R. Ferranti)
![Doronico del granito](/sites/default/files/inline-images/46_Doronicum%20clusii.jpg)
Doronico del granito (Foto di R. Ferranti)a
![Androsace dei ghiacciai](/sites/default/files/inline-images/42_Androsace%20alpina.jpg)
Androsace dei ghiacciai (Foto di R. Ferranti)
![Genziana punteggiata](/sites/default/files/inline-images/35_Gentiana%20punctata.tif_.jpg)
Genziana punteggiata (Foto di R. Ferranti)
![Genziana porporina](/sites/default/files/inline-images/36_Gentiana%20purpurea.tif_.jpg)
Genziana porporina (Foto di R. Ferranti)
![Anemone a fiori di narciso](/sites/default/files/inline-images/44_Anemone%20narcissifolia.jpg)
Anemone a fiori di narciso (Foto di R. Ferranti)
![Aquilegia maggiore](/sites/default/files/inline-images/12fior_Aquilegia%20alpina.jpg)
Aquilegia maggiore (Foto di R. Ferranti)
![Erba di S. Barbara bratteata](/sites/default/files/inline-images/49_Barbarea%20bracteosa.jpg)
Erba di S. Barbara bratteata (Foto di R. Ferranti)
![Epilobio di Fleischer](/sites/default/files/inline-images/48_Epilobium%20fleischeri.jpg)
Epilobio di Fleischer (Foto di R. Ferranti)
![Eritrichio nano](/sites/default/files/inline-images/10_Eritrichium%20nanum.tif_.jpg)
Eritrichio nano (Foto di R. Ferranti)
![felce penna di struzzo](/sites/default/files/inline-images/a_Matteuccia%20struptiopteris_Gironi.jpg)
Felce penna di struzzo (Foto di F. Gironi)
![Stella alpina](/sites/default/files/inline-images/04_Leontopodium%20alpinum.jpg)
Stella alpina (Foto di R. Ferranti)
![Papavero alpino](/sites/default/files/inline-images/18_Papaver%20rhaeticum.jpg)
Papavero alpino (Foto di R. Ferranti)
![Salvastrella orobica](/sites/default/files/inline-images/13parco_sanguisorba_Scieghi.jpg)
Salvastrella orobica (Foto di G. Scieghi)
![Primula vischiosa](/sites/default/files/inline-images/27_Primula%20latifoglia.tif_.jpg)
Primula vischiosa (Foto di R. Ferranti)
![Potentilla rosea](/sites/default/files/inline-images/a_potentilla%20nitida4.jpg)
Potentilla rosea (Foto di F. Gironi)
![Sassifraga bryoides](/sites/default/files/inline-images/21_Saxifraga%20bryoides.tif_.jpg)
Sassifraga brioide (Foto di R. Ferranti)
![Sassifraga solcata](/sites/default/files/inline-images/20_Saxifraga%20exarata.tif_.jpg)
Sassifraga solcata (Foto di R. Ferranti)
![Viola comollia](/sites/default/files/inline-images/Viola%20comollia%20Pagliarini.jpg)
Viola di Comolli (Foto di L. Pagliarini)