Ruscelli, laghetti e torbiere, pur essendo ambienti caratterizzati dalla presenza di acqua, ospitano ciascuno particolari comunità vegetali che variano anche in funzione dell'altitudine e di altri fattori ambientali. Le sorgenti e i ruscelli d'alta quota sono, ad esempio, colonizzati da tappeti di muschi ed epatiche che meglio si adattano ai rigori del clima rispetto a piante superiori quali Saxifraga stellaris, Cardamine asarifolia e Pinguicola vulgaris, che vegetano più in basso. Macchie gialle di Saxifraga aizoides dominano invece i greti ciottolosi. Le acque ferme e poco profonde di alcuni laghetti permettono la vita di piante acquatiche come Sparganium angustifolium che ricopre la superficie del Lago Culino in Val Gerola. Ai bordi di questi specchi o nei pianori chiusi da contropendenze, quando si ha ristagno d'acqua, si formano le torbiere, zone umide in cui il l'azione di decomposizione viene rallentata dalla scarsa ossigenazione e dall'ambiente acido, determinando l'accumulo di materiale vegetale che prende il nome di torba. Accanto a muschi e sfagni si insediano carici e giunchi spesso vivacizzati dai pennacchi degli eriofori, simili a batuffoli di cotone.
Gli ambienti acquatici, a differenza di altri, sono distribuiti a diverse altitudini. Questo fattore, in concomitanza con le caratteristiche dell'acqua stessa, determina la composizione della comunità animale. I laghetti d'alta quota, ad esempio, essendo ambienti poco produttivi, posseggono catene alimentari molto corte, con all'apice piccoli invertebrati come la pulce d'acqua (Daphnia s.p.). Le raccolte d'acqua ferma poste sotto i 2000 m, siano esse naturali o create dall'uomo, come le pozze per l'abbeverata del bestiame, possono ospitare, oltre a insetti quali gerridi e ditischi, anche alcuni vertebrati come il tritone crestato (Triturus cristatus) e la rana rossa di montagna (Rana temporaria).
Queste specie, che si concentrano nel periodo riproduttivo, attirano la presenza di un temuto predatore: la biscia d'acqua (Natrix natrix). Nei pressi delle torbiere volano spesso diverse specie di libellule. Più raramente, si incontrano due tipi differenti di farfalle dalle ali bianche puntate di nero e rosso, appartenenti al genere Parnassius: la febo (P. phoebus) e l'apollo (P. apollo), che si dividono il territorio in base all'altitudine, la prima sopra e la seconda sotto i 1500 m.
Nei torrenti con acque ben ossigenate vivono le larve dei Plecotteri, dette anche "portalegni o portasassi" per la caratteristica abitudine di costruirsi un involucro protettivo con materiale trovato in loco; questi insetti sono tra il cibo preferito del merlo acquaiolo (Cinclus cinclus), piccolo uccello in grado di nuotare sottacqua e ricercare il cibo tra i sassi.
Anche la presenza della ballerina gialla (Motacilla cinerea) è associata a quella di acque correnti.
